Il museo, inaugurato nel 2016, è stato fortemente voluto dal Comune di Lampedusa, in collaborazione con il Ministero dei Beni Culturali, la Regione Siciliana, la Soprintendenza di Agrigento, il Ministero della Cultura della Tunisia, l’Istituto Nazionale del Patrimonio della Tunisia e l’Istituto Italiano di Cultura di Tunisi.
Nelle sue sale è possibile ammirare mostre di artisti contemporanei e del calibro di Caravaggio, oltre a importanti reperti archeologici come la Testa di Ade, marmi paleocristiani e testimonianze della cultura musulmana.
Nella sezione “della memoria” è possibile, inoltre, vedere alcuni dei reperti originali del naufragio citato da Gianfranco Rosi nel film Fuocoammare.